Profesor J. Gebauer uveřejnil v únorovém čísle Masarykova časopisu Atheneum dva články s názvem Potřeba dalších zkoušek Rukopisu královédvorského a zelenohorského společně s kritickým článkem T. G. Masaryka a jeho argumenty z mnoha vědních oborů – od estetiky, přes paleografii, textologii, botaniku až po sociologii. Gebauerovy pochybnosti vyšly tiskem už v prosinci 1885 v jedné německé encyklopedii.
Dokazování padělanosti Rukopisů spočívalo především na Janu Gebauerovi, jenž změnil svůj původní názor na autentičnost textu. Nyní vytýkal Rukopisům některá slova a slovní tvary jako nemožné. Hlavně však zdůrazňoval, že některé odchylky se shodují s chybami Hankovy gramatiky a právě tyto shody (koincidence) považoval za důkaz padělanosti Rukopisů. Sám prohlásil, že všechny jazykové odchylky by se daly vysvětlit, nebýt těch “ nešťastných“ koincidencí s Hankovou gramatikou. Jan Gebauer požadoval též provedení chemických zkoušek. Při tom prohlásil, že podřídí svoje pochybnosti filologické, pokud chemie dokáže nepochybně starobylost Rukopisu a že pro výklad jazykových odchylek bude hledat vysvětlení jiná.
Chemickým zkoumáním byli pověřeni dva universitní profesoři Antonín Bělohoubek a Vojtěch Šafařík (syn P. J. Šafaříka). Oba nezávisle dospěli ke zjištění velkého stáří RK. Ještě před zveřejněním jejich zpráv zpochybnil je Gebauer sdělením, že chemické zkoušky v principu nemohou prokázat pravost a že objevem novodobého barviva v iniciále N prokázaly naopak padělanost RK. Gebauer tak usoudil dle předběžného sdělení Bělohoubkova, že v iniciále N byla zjištěna berlínská modř. Neuvážil však další okolnosti tohoto nálezu, z nichž plyne, že berlínská modř byla zanesena do iniciály až při pozdější restauraci. Proti pravosti Rukopisů vystoupil též historik Jaroslav Goll spisem Historický rozbor básní rukopisu Královédvorského: Oldřicha, Beneše Heřmanova a Jaroslava. Goll se později distancoval od radikalismu tzv. politických realistů v čele s Masarykem a Herbenem a stal se reprezentantem umírněnějšího křídla tzv. vědeckých realistů. Hájil právo vědecké kritiky na obranu Rukopisů. Předpověděl, že vědecký spor dlouho potrvá a nepodepsal tzv. silvestrovský manifest, kterým měl být spor definitivně uzavřen pro jakékoli další přezkoumání.
Obranu v té době představovali zástupci starší generace. W.W. Tomek, Jirečkové, Martin Hattala a nejproduktivnější historik Josef Kalousek, jenž pohotově čelil jazykovědným námitkám Gebauerovým a rozpoznal mnohé nedomyšlenosti argumentace Masarykovy. 11. května 1886 uveřejnili ve staročeském Hlasu národa své oficiální stanovisko k pravosti Rukopisů. Spor překročil univerzitní a vědeckou půdu a stal se politickou záležitostí. Na obhajobu Rukopisů se postavili F. L. Rieger a A. P. Trojan. Obránci ale trpěli nesvorností. Publikovali především ve Vlčkově Osvětě a v Časopisu Českého Muzea. Krom diskuse v odborných časopisech věnovala rukopisnému sporu pozornost žurnalistika, která však trpěla nadměrnou nervozitou a přehlušila odborný dialog.
Posledním hřebem do rakve Rukopisů byl „objev“ tzv. kryptogramu Hanka fecit (Hanka udělal), který oznámil Ladislav Dolenský v Listech filologických roku 1899. Klam Dolenského vyšel najevo až roku 1911, když se Slovinec Žunkovič chtěl o této skutečnosti přesvědčit na vlastní oči. V témže roce archeolog Píč předložil RK k posouzení předním paleografům v západní Evropě a následně publikoval článek Rukopis Královédvorský před mezinárodním fórem paleografů skvěle obstál. Vysloužil si jen přehlížení a úsměšky. Skončil sebevraždou. Následovalo prohlášení 52 realistických učenců (tzv. silvestrovský manifest) o tom, že rukopisný spor je vyřešen a uzavřen.
Poté již převážil názor o nepravosti Rukopisů, přestože čas od času se vynoří i ve vědeckých kruzích několik nadšenců hájících jejich autenticitu, jako např. dvojnásobný rektor KU, vědec a filosof František Mareš v roce 1927. V roce 1967 byl pověřen zkoumáním doby vzniku RK a dalších rukopisů Kriminalistický ústav. Zároveň prováděl svůj výzkum i tým spisovatele Ivanova. Oba tyto výzkumy nakonec došli k trošku odlišným výsledkům. Po roce 1989 někteří nadšenci zintenzivnili snahu o opětovné prozkoumání Rukopisů, byla obnovena i Česká společnost rukopisná.
Zdroj: www.libri.cz, Česká společnost rukopisná
Jak se vyjádřil náš odborník z Karlovy univerzity v oboru chemie:
„jsem skeptický k tomu, že by se něco nového tímto způsobem zjistilo (další chemickou analýzou, pozn. Svornosti) … ví se, že pergamen je dobový a barvy jsou použité také dobové, jenže nikdo neví, kdy byly naneseny a není zřejmé zda vůbec se podaří to někdy zjistit … z hlediska chemického rozboru dnes již nelze předpokládat zjištění nových skutečností, nové světlo by spíše přinesl nový jazykový rozbor“.
To je pravda, místo o věcnosti je to o dojmech.
Bohužel, pře o pravost či nepravost rukopisů se zvrhla v pouhé politikaření. A věty v současných učebnicích o takřka jisté nepravosti jsou spíše než výsledkem syntézy vědeckých poznatků jen ideologickým dogmatem.