14. srpna 1431 byly u Domažlic na hlavu poraženy intervenční sbory 4. křížové výpravy vyhlášené proti nepoddajné kacířské zemi. Papežská kurie dospěla se skřípěním zubů a se sebezapřením k závěru, že s husity bude nutné zahájit jednání. Iniciátor této poslední kruciáty kardinál Cesarini proto svolal s podporou římského krále Zikmunda do Basileje koncil, kde mělo dojít konečně k nějakému narovnání s husity. Jedním z bodů rokování na koncilu bylo i projednání husitského programu, který zastřešovaly čtyři pražské artikuly.
Na sněmu v Praze v únoru r. 1432 byl přijat návrh z Basileje s tím, že předkolo jednání proběhne v Chebu. Chebská jednání připomínám proto, že tato významná událost je velmi málo zmiňována a ještě méně se o ní ví. Tato rokování přivodila zásadní průlom ve vztazích s představiteli institucionální katolické církve a českým zástupcům se na nich podařilo smluvně docílit téměř všeho, co si předsevzali. Dohody z Chebu zaručovaly husitům, že při jednáních na koncilu bude „za nejspravedlivějšího a nestranného soudce přijat zákon boží, praxe Kristova, apoštolské a prvotní církve spolu s koncily a učiteli, kteří se v něm pravdivě zakládají“. Jinými slovy že jediným, hlavním a nestranným arbitrem ve sporech mezi husity a koncilem bude Písmo svaté etc. Tedy to, oč marně usiloval i mistr Jan Hus na koncilu v Kostnici, kdy tento požadavek byl pro představitele koncilu naprosto nepřijatelný. Tzv. Chebský soudce byl stvrzen dne 18. května 1432 a je třeba objektivně přiznat, že za jeho přijetím stála v prvé řadě síla a neporazitelnost husitských zbraní. Dnes, s odstupem šesti století a bez ohledu na to, jak nakonec jednání v Basileji byla vedena, je třeba jednoznačně konstatovat, že Chebský soudce je jedním z největších vítězství husitů a české reformace.
Na konec srpna 1432 byl svolán sněm do Kutné Hory, na němž byli zvoleni účastníci poselstva do Basileje. Za táborský svaz to byli Prokop Holý, písecký hejtman Matěj Louda, kněží Mikuláš z Pelhřimova a Markold ze Zbraslavi, za pražské a sirotčí 
duchovenstvo Jan Rokycana, Petr Payne, řečený Engliš a chrudimský farář Martin Lupáč, za představitele šlechty litomyšlský hejtman Vilém Kostka z Postupic a Beneš Mokrovouský z Hustiřan. Všichni výše jmenovaní se rovněž účastnili jednání v Chebu. Mezi dalšími účastníky byli Řehoř ze Dvora Králové, Jan Velvar doprovázený písařem Mikulášem Humpolcem, Jíra z Řečice, Petr ze Žatce a kněz Oldřich ze Znojma. 10. října koncil potvrdil všechny chebské dohody i platnost glejtů a vyslovil se vcelku příznivě i k žádosti týkající se pozvání východní řecké církve.
Čeští vyslanci ke koncilu doprovázeni Zikmundovým pověřencem Zdeslavem Tluksou z Buřenic vyrazili na dlouhou cestu 6. prosince 1432. Cesta proběhla bez jakýchkoli problémů, neboť o bezpečnost výpravy se staraly významné autority z Říše. O sebevědomí, které husitské delegaci rozhodně nechybělo, svědčí manifestační vjezd do Norimberka pod rozvinutými husitskými korouhvemi s kalichem a transparentem Veritas super omnia vincit („Pravda nad vším vítězí.“) na voze Matěje Loudy z Chlumčan. Když se kardinál Cesarini o tom dověděl, vyslal k delegaci rychlého posla s pokornou žádostí, aby se podobných „provokací“ a propagace husité v Basileji vyvarovali. Husitští vyslanci ke koncilu připluli do města na lodích a byli přivítáni zástupci města a zvědavci, kteří chtěli na vlastní oči uvidět neporazitelného Prokopa Velikého, další husitské hejtmany i kněze, kteří procházeli přelidněnými ulicemi za zpěvu husitských chorálů. Tímto spontánním přivítáním byli představitelé koncilu dokonale zaskočeni a navíc proto, že delegaci z Čech očekávali na úplně jiném místě.
Na zasedání koncilu, které bylo zahájeno počátkem r. 1433, bylo v Basileji přítomno 42 biskupů, 30 opatů, 311 doktorů a jiných hodnostářů. Husitské záležitosti spadaly do kompetence komise pro věci víry, která se již téměř rok připravovala na učenou polemiku. Petr Payne navrhl jménem husitské delegace, aby slyšení probíhala ve větších prostorách, každé učené rokování o artikulu bylo ohlášeno veřejnými vyhláškami a aby se ho mohl zúčastnit každý učenec, který o diskusi projeví zájem. Omezený prostor zasedacího sálu tento požadavek prakticky eliminoval a nakonec byl povolen vstup pouze latiníkům. Navzdory drobným problémům probíhala jednání se snahou důsledně dodržovat chebské dohody, tj. neporušovat ustanovení Chebského soudce. Z jednání se zachoval Deník poselstva. Teologická učená klání započala slavnostním zasedáním, přednesením programu jednání a pokračovala úvodními výklady ke čtyřem artikulům oběma stranami.
První vystoupení bylo věnováno artikulu o přijímání eucharistie, tj. i Krve Kristovy v podobě vína z kalicha pro laiky. Tento veledůležitý artikul obhajoval přímo Jan Rokycana. Jemu oponoval Jan Stojkovič. Již toto úvodní vystoupení uvedených protagonistů ukázalo nejen nesmiřitelnost stanovisek, ale i vysokou odbornou úroveň, v níž čeští zástupci byli přinejmenším naprosto rovnocennými soupeři. Rokycana si počínal proti pařížskému doktoru teologie a generálnímu prokurátorovi dominikánského řádu velmi zdatně, vyrovnaně a bez náznaku rozpačitosti. Přesvědčivě doložil, že až do kostnického koncilu nebyl utrakvismus považován za kacířství a historickými argumenty prokázal, že přijímání podobojí bylo rozšířeno už mezi prvními křesťany. Obhajoba nutnosti kalicha ke spáse již nebyla tak přesvědčivá a ani nemohla být, neboť tuto nezbytnost neprosazoval ani M. Jan Hus, který přijímání podobojí nakonec potvrdil z Kostnice až těsně před svým odsouzením. Rokycana se distancoval od různých husitských variant pojetí církve, čímž netakticky odkryl karty ve věcech týkajících se nejednotnosti různých konfesních proudů české reformace. Ve své replice Stojkovič dogmaticky obhajoval neomylnost církve a právo institucionální církve měnit a určovat sakramentální praxi. Tato církev prostě kdysi kalich zavedla, a proto podle jeho argumentace ho může i zakázat pro laiky. Po konsekraci je Kristova svátostní přítomnost jak v chlebu tak i vínu, a proto laikovi musí stačit přijímat pod jednou. Disputace týkající se tohoto artikulu naznačila jistý kompromis objevivší se pak v kompaktátech.
Obhajoba artikulu o stíhání a potírání veřejných hříchů byla svěřena čelnímu představiteli táborského duchovenstva Mikuláši z Pelhřimova. Kritika, kterou česká reformace přes 20 let směřovala k zesvětštělé církvi, se hrozivě valila na přítomné preláty jako obrovská vlna příboje, který splachuje všechny hříchy morální krizí postižené církve. Výtky, které Mikuláš hřímal z řečnického pulpitu se stupňovaným akcentem, se týkaly v prvé řadě svatokupectví, pokračovaly porušováním celibátu kněžími a dalšími menšími i většími hříchy včetně těch smrtelných a končily důrazným připomenutím upálení mistrů Husa a Jeronýma. Posluchačům v auditoriu musel běhat mráz po zádech, když si uvědomili, že by se tito mravokárci, nedej Bože, stali jejich soudci, jimž by se dostali do rukou. Při obhajobě 
Viklefovy teze, že pokud církev nenajde sama v sobě tolik morální síly, aby zjednala nápravu těchto poklesků, je nutno tento úkol svěřit světské moci případně i obecnému lidu, vstávaly posluchačům hrůzou vlasy na hlavě. Tyto revoluční myšlenky byly pro koncil pochopitelně naprosto nepřijatelné. Základem oponentní přednášky doktora Jiljího Charliera byl důsledně scholastický výklad základních pojmů. Odvolával se na historický výrok církve o nezávislosti představitelů církve podléhajících kanonickému právu na světských soudech. Dále akcentoval zásadu, že podřízený nemá právo soudit nadřízeného. Charlier vášnivě obhajoval nutnost tolerance k pokleskům, a to včetně prostituce(!), protože nelze za každých okolností dodržet přísné zásady Písma, natož proniknout do hloubky pohnutek lidského jednání. Jestliže se může mýlit nadřízený, jak by mohl podřízený prostý lid být soudcem a vykonavatelem spravedlnosti. Prostý člověk může na prohřešky upozornit a to je tak vše, protože jinak by se jednalo o revoltu proti věčnému a neměnnému řádu boží prozřetelnosti, která nařizuje poslušnost i špatné vrchnosti. V polemice týkající se tohoto artikulu se nejvýrazněji projevil antagonismus mezi revolučními principy táborského radikalismu a stávajícím společenským řádem.
Další nepřekonatelný rozpor mezi husitským názorem na poslání kněze v hierarchii institucionální církve se projevil rovněž v učeném střetu o artikulu, který se týkal svobodného hlásání slova božího. Prokop Holý chtěl nejprve svěřit obhajobu tohoto artikulu Martinu Lupáčovi. Protože Lupáč by měl na přípravu velmi krátkou dobu, nakonec se obhajoby ujal původně určený Oldřich ze Znojma, sirotčí farář z Čáslavi. Ten pak ve svém projevu, který byl postaven na krystalicky čisté tradici české reformace zosobněné M. Janem Husem, jednoznačně upřednostnil zvěst a poselství Písma svatého před povinnosti kněze, které mu předkládají jeho nadřízení počínaje římskou kurií. Oldřichovi ze Znojma oponoval dominikán dr. Jindřich Kalteisen. Jeho úkol byl nezáviděníhodný a nelehký, protože celá řada požadavků zahrnutých v tomto artikulu byla ve shodě s představami, které alespoň verbálně deklarovali členové reformní strany koncilu. Kalteisen proto musel svoje vystoupení napřímit proti zpochybňování církevní hierarchie. Také on se odkázal na Nový zákon a zdůraznil, že pravomoci v hierarchickém uspořádání institucionální církve mají předobraz v prvotní církvi, kde papež zastupuje Krista, biskupové apoštoly a kněží učedníky.
Artikul o chudobě a zákazu světského panování kněžstva byl pro koncil neuralgickým bodem, neboť se přímo dotýkal mocenského postavení církve ve společenském systému a jejich hmotných zájmů. Obhajoba tohoto článku byla svěřena oxfordskému mistru Petru Paynovi, kterému se tak dostalo cti hájit husitský program na půdě koncilu. Byly tím oceněny a uznány jeho zásluhy ve službě revoluci, jejímž mluvčím se stal. Englišovo vystoupení na koncilu bylo zároveň i dokladem nadnárodního a všekřesťanského zápasu husitství a potvrzením jeho mezinárodní dimenze. Zástupci anglického národa na koncilu požadovali, aby byl Payne zbaven ochrany koncilu. Hrozba nakonec nebyla realizována a tato skutečnost v Paynovi vyvolala ještě větší sebevědomí, s nímž se chopil nelehkého úkolu. Svého oponenta, španělského znalce kanonického práva Jana Palomara, odbornými znalostmi, pohotovými výroky, řečnickým uměním a zkušeně odměřovanou dávkou patosu zaháněl do úzkých. Petr Payne přímo a bez farizejského zastírání vyložil, dnes bychom řekli „natvrdo“, jakým způsobem husité vycházející z Viklefa hodlali církev zbavit majetku a moci. Palomar pak bezostyšně a bez skrupulí zase obhajoval moc i majetek církve. Jeden z nejvyšších představitelů koncilu, který pak vedl další jednání s husity, dal svým vystoupením jasně najevo, jak naivní byly jejich představy o reformě církve zevnitř, tj. prostřednictvím jejího nejvyššího orgánu.
Čím déle se jednání prodlužovala, tím více patrná byla deziluze o samospasitelnosti husitského programu. Mesianistický entuziasmus, s nímž husité vstupovali do očistného procesu nápravy křesťanského světa, se nakonec obracel proti nim a husité začali chápat, že jejich setrvání ve svazku institucionální římské církve je slepou uličkou a v konečných důsledcích fatální chybou. Podíváme-li se objektivně na jednání v Basileji a porovnáme-li je se závěry kostnického koncilu, musíme konstatovat, že postoj oficiální církve se za 18 let prakticky nezměnil. Po skončení všech učených polemik a vyložení stanovisek k daným tématům bylo nad slunce jasnější, že toto názorové střetnutí nebude mít vítěze ani poražené. Učené polemiky byly vlastně tvrzeními proti tvrzením. Na jedné straně reformní kroky ověřené praxí a na straně druhé neochota provést důslednou reformu církve napříč všemi církevními institucemi. Husité se pomalu začali smiřovat s tím, že svůj program v Evropě neprosadí a budou mít značné problémy i s jeho prosazením doma.
