Dne 21. října 1435 byl Jan Rokycana českým sněmem zvolen za arcibiskupa pražského, tato volba však nikdy nedosáhla kanonické platnosti. Jan byl žákem Jakoubka ze Stříbra. Ve svém přístupu k reformaci byl zastáncem umírněného křídla. Kritizoval extrémní názory táboritů a jako zvolený pražský arcibiskup usiloval o smír s katolickou církví. Jeho základním cílem bylo i to, aby kališnická církev byla lepší než církev římská. Ale toto zlepšení neviděl v přílišném vzdálení se učení katolické církve. Spíše odmítal tuhý centralismus apoštolské kurie, podobně jako se bránil nenapravitelné roztržce s Římem, kterou provedli Táboři. Bez rozmyslu nepřijímal ani názory Jakoubkovy, zastával transsubstanciaci (názor, že při svátostném aktu dochází ke změně podstaty užitých svátostí), a ne remanenci (názor, že podstata hostie a vína trvá). Držel také víru v očistec, v sedm svátostí, vzývání svatých, používání ornátů a starodávného bohoslužebného náčiní. Jako teolog se projevil výklady na evangeliu sv. Lukáše a sv. Jana. Mezi jeho nejvýznamnější díla patří Postila, sbírka jeho kritických kázání v Týnském chrámu z let 1456 až 1457, která je ukázkou jazykové vytříbenosti, slohové jadrnosti a svěžího životního obsahu. Odráží se v ní život českého husitství po kompatátech.
Dne 23. 8. 1436 byl císař Zikmund jako král český slavnostně vítán v Týně Rokycanou, načež byl ohlášen mír lidem v celé zemi a král doprovozen do svého dvora.Dne 8. 9. 1436 slavil v tomto kostele legát basilejského koncilu, kostnický biskup Filibert, za přítomnosti krále a dvora slavnou bohoslužbu. Když při ní uviděl, že Rokycana dělá při mši některé odchylky od katolického obřadu a podává Tělo a Krev Páně i malým dětem, žaloval na něho u císaře. Ten nařídil dne 24. 4. 1437 Rokycanovi, aby opustil Týnskou faru. Zároveň na ní dal uvést Mistra Jana ze Soběslavi příjmím Papouška, tehdy rektora univerzity.
Dne 11. 6. 1437 byl z císařova navedení zvolen administrátorem pražského arcibiskupství Mistr Křišťan z Prachatic, farář u sv. Michala. Rokycana, podporován panem Divišem Bořkem z Miletína, utekl z Prahy na jeho hrad Kunětickou horu.Pak až do roku 1448 přebýval v Hradci Králové. Většina kléru se však i potom k němu hlásila.
V roce 1444 došlo na zemském sjezdu po teologické disputaci ke smíření Rokycany se stranou Příbramovou, která představovala mírné utrakvisty. Od sjednocení stran pod obojí se distancovali táborité. Jejich potření dosáhl zemský správce Jiří z Poděbrad v roce 1452. V roce 1448 byla Jiřím z Poděbrad dobyta Praha a Jan z Rokycan opět slavnostně uveden do své týnské fary. Rokycana se stal nejvyšší hlavou církve podobojí. Svou pravomoc vykonával společně s dvacetičlenným sborem duchovních a mistrů. Neměl však možnost udělovat svěcení. Mnoho novosvěcenců vysvěcených italskými biskupy se od utrakvistů distancovalo. Proto se Češi obrátili na Východ. Jednání o sjednocení obou církví bylo zmařeno dobytím Konstantinopole Turky v roce 1453. Řím se snažil pohnout utrakvisty k úplnému podřízení. Do Čech byl vyslán františkánský kazatel Jan Kapistrán a o sjednocení usiloval i učený Jan Kusánský. Oba dva bez úspěchu.
Vztah Rokycanův k Jednotě bratrské byl dvojznačný. Zdá se,že ji nejdříve hájil a později pronásledoval pro narušení jednoty utrakvistické církve, neboť byla vhodným terčem těch, kdo hledali záminku, aby Čechy mohli obvinit z kacířství.
Bylo mnoho těch, kdo stav církve podobojí těžce nesli a toužili po obnově podle božího slova. Čtenáři a žáci Petra Chelčického, posluchači husitského arcibiskupa Jana Rokycany i další toužili následovat Ježíše Krista cele, bez výhrad. Chtěli se v praktickém životě opravdu řídit jeho slovy, povzbuzováni také Rokycanou, který ve svých kázáních zlořády a hříchy otevřeně káral.
Bratr Řehoř ho prosil, aby se stal jejich vůdcem a dostál tak svým vlastním kázáním, ale Rokycan ase k tak radikálnímu kroku neodvážil – „to by mu přišlo na tvrdo skočiti …“ Přimluvil se alespoň u krále a ten skupince Bratří povolil usadit se na jeho litickém panství u Žamberka v pusté osadě Kunvald (za husitských válek vypálené křižáky). A jak sděluje později Lukáš: „tu se mnozí věrní shromáždili netoliko z lidu obecného, ale i z rytířského i z kněží … přidrželi se kněze Michala, faráře žamberského, a od něho služebností požívali…“ Usazením v Kunvaldě se tedy datuje vznik společenství, které se nejdříve v duchu původní myšlenky bezvýhradného následování Krista podle kázání na hoře nazývalo Bratři a sestry zákona Kristova. Později přijali název Jednota bratrská (latinsky Unitasfratrum).
Po svém zvolení českým králem v roce 1458 se Jiří z Poděbrad se snažil opětovně dosáhnout uznání Rokycany biskupem, stejně jako znovupotvrzení kompaktát papežem. Jan z Rokycan se ocitl uprostřed politického manévrování a jeho dosavadní vliv na Čechy byl značně oslaben. Po zrušení kompaktát v roce 1462 byla na Jana Rokycanu uvalena papežem klatba, která v roce 1466 postihla i Jiřího z Poděbrad. Oba dva zemřeli těsně po sobě v roce 1471 v průběhu tzv. druhé husitské války. Ta byla vyvolaná papežem Pavlem II. a vedena především ctižádostivým uherským králem Matyášem usilujícím o český trůn. Jan z Rokycan byl pohřben ve svém farním kostel Panny Marie před Týnem. Jeho náhrobek v kostele se nedochoval.
Autor: Ludmila Dědková, www.getsemany.cz